一、巢湖（居巢）分公司：下辖巢湖汽车站（包括柘皋等乡镇分代站）、巢湖巢宇大众汽车出租有限责任公司、巢湖汽车租赁分公司。

二、安徽飞雁庐江客运有限公司：下辖庐江汽车站（包括乡镇分代站）、庐江长途汽车站、客运一公司、客运二公司、庐江城市公交公司、庐江城乡客运公司、庐江汽车修理厂等单位。

三、巢湖城乡公交分公司：主营巢湖市城乡公交客运，下辖巢湖公交南站等站点。

四、巢湖市经纬城乡客运有限公司：主营巢湖市校车客运。

五、庐江星梦校车服务有限公司：主营庐江县校车客运。

六、庐江分公司

七、合肥分公司

八、安徽交运集团飞雁旅游客运有限公司

九、巢湖运众汽车销售服务有限公司

十、巢湖客车修理厂

十一、广告、物业分公司。

十二、安徽交运集团巢湖汽运有限公司驾驶员培训学校