一、巢湖（居巢）分公司：下辖巢湖汽车站（包括柘皋等乡镇分代站）、巢湖汽车六队、巢湖汽车七队、巢湖巢宇大众汽车出租有限责任公司、巢湖汽车租赁分公司、巢湖交通旅行社。

二、无为分公司：下辖无为汽车站（包括乡镇分代站）、无为汽车南站、无为汽车四队、无为公交分公司、无为公交客运分公司、无为至诚公交分公司、无为汽车租赁分公司、无为县盛友汽车出租有限责任公司、无为县通达出租汽车有限责任公司、无为汽车修理厂。

三、安徽飞雁庐江客运有限公司：下辖庐江汽车站（包括乡镇分代站）、庐江长途汽车站、客运一公司、客运二公司、庐江城市公交公司、庐江城乡客运公司、庐江汽车修理厂等单位。

四、和县分公司：下辖和县汽车站（包括乡镇分代站）、和县汽车五队、和县汽车八队、和县宏运汽车出租有限公司、和县汽车修理厂。

五、含山分公司：下辖含山汽车站（包括乡镇分代站）、含山汽车二队、含山汽车修理厂。

六、无为县运输公司

七、巢湖运众汽车销售服务有限公司：下辖汽车4S店、巢湖市皖神汽车服务有限公司。

八、安徽交运集团巢湖汽运有限公司驾驶员培训学校

九、巢湖市经纬城乡客运有限公司：主营巢湖市校车客运。

十、庐江星梦校车服务有限公司：主营庐江县校车客运。

十一、巢湖城乡公交分公司：主营巢湖市城乡公交客运，下辖巢湖公交南站等站点。

十二、广告、物业、易达分公司

十三、巢湖客车修理厂

十四、庐江分公司

十五、和县飞雁城乡客运有限公司

十六、合肥分公司